Der Gründung des HSV Magdeburg ging ein Zusammenschluss von Spielern der ersten Männermannschaften des Magdeburger SV 90 und des TuS Magdeburg zu einer gemeinsamen Mannschaft im Jahr 2009 voraus.
Nachdem in der ersten Saison 2009/10 noch in der Verbandsliga gespielt wurde, gelang in der darauffolgenden Saison der Aufstieg in die Sachsen-Anhalt-Liga.
Auf Grund von Unstimmigkeiten mit dem Hauptverein entschlossen sich die späteren sieben Gründungsmitglieder Anfang des Jahres 2013, einen eigenen Weg zu gehen und einen neuen Handballverein zu gründen.
Die erste Männermannschaft siegte, damals noch als Magdeburger SV 90, in der Relegation um den Aufstieg in die Sachsen-Anhalt-Liga und übernahm das Spielrecht für die Sachsen-Anhalt-Liga als HSV Magdeburg.
Zum Beginn gab es Handballsport beim HSV ausschließlich im männlichen Bereich. Die anfangs knapp 50 Mitglieder des Vereins verteilten sich auf zwei Männermannschaften, sowie je eine Mannschaft in der B-Jugend, C-Jugend, D-Jugend und bei den Minis.
Der erste Erfolg des HSV war im Juni 2013 der Sieg der Minis beim SIMBA-Cup 2013.
Im April 2014 wurde das Sportangebot des HSV erweitert. Durch die Kooperation mit der Kita Gesellschaft Magdeburg wurde die Kindersportabteilung für Kinder im Alter zwischen zwei und sechs Jahren gegründet. Von nun an war es möglich, unter der Leitung von erfahrenen Sport- und Bewegungspädagoginnen, die Kinder an den Sport heran zu führen.
Im Jahr 2014 vergrößerte sich die Mitgliederzahl des Vereins schlagartig: Der in finanzielle Schieflage geratene HSC 2000 Magdeburg stand vor seiner Auflösung und damit die Fortführung des Leistungssports im weiblichen Nachwuchsbereich in und um Magdeburg vor dem aus.
Glücklicherweise gelang die Überleitung der Spielerinnen des HSC 2000 zum HSV Magdeburg und die Fortführung des Leistungssports wurde gesichert.
Die bisher gute Nachwuchsarbeit im Handball beim HSV Magdeburg zeigte sich in der Saison 2017/18 in einem ersten Meilenstein: innerhalb von nur drei Jahren gelang dem noch jungen Verein die Qualifikation zur weiblichen Jugend-Bundesliga.
